1888年(明21) 大分尋常中学校の教師S.H.ウェンライト師により、現在の府内町(旧津田医院付近)に6月、大分南メソヂスト講義所が開設され、12月17日「大分南メソヂスト教会」として創立。
1892年(明25) 大分基督教会と改称
1893年(明26) 1月にウエンライト・モーズレ・ウイルソン三教師の寄付金で会堂敷地を購入
1894年(明27) 会堂を建築し献堂式を行う(大分町大字大分66番地 現府内町大分銀行本店付近)
1899年(明32) 大分美以(みい)教会と改称
1907年(明40) 日本メソジスト大分教会と改称
1909年(明42) ミス・ウォースが愛隣幼稚園を創立(大分町大字大分55番地 現荷揚町)
1942年(昭17) 戦時下におけるプロテスタント教会の合同に伴い「日本基督教団大分教会」と名称を変更
1945年(昭20) 大分空襲のため会堂焼失。以後愛隣幼稚園を会堂として使用
1950年(昭25) 旧浄安寺東隣に会堂を再建(現府内町 大分中央郵便局)
1961年(昭36) 大分市街づくりのため会堂移転新築を決定
1962年(昭37) 教会は旧大分商業高校グラウンド横278坪の地(現在地、舞鶴町)に移転
1974年(昭49) 愛隣幼稚園が南大平寺に移転、学校法人「大分愛隣学園愛隣幼稚園」となる
1988年(昭63) 創立100周年を迎える。 記念礼拝、記念講演会(講師:日野原重明氏)、記念オルガン演奏会(小林道夫氏)
2009年(平21) 6月8日午前5時ごろ1階西部屋より出火。礼拝堂を含め各階甚大な被害を蒙る。 その後愛隣幼稚園で礼拝を守る。 9月再建工事開始。11月18日完工引渡し。 11月20日岡野オルガンを設置し、11月29日再建感謝礼拝がもたれた。
2018年(平30) 創立130周年を迎える。10月記念礼拝、記念講演会開催。12月記念愛餐会開催、記念誌発行。
2023年(令5) 創立135周年
大分教会は百数十年の間、神様と大分の地域に仕える教会として歩み続けてきました。これからもメソヂスト教会の伝統を大切にしつつ、合同教会としての広がりと歴史を担って歩んでいきたいと願っています。